2. чин

Свештеници, на челу са Сарастром, објаве да Памина не може бити враћена мајци (која је узрок и оличење сујеверја и празноумља међу људима); уместо тога Тамино ће бити подвргнут искушењима за доказивање зрелости, мудрости и пожртвовања, а као круну и награду добиће њену руку. Сарастро се моли боговима Озирису и Изиди да заштите искушенике на њиховом путу.

На улазу у храм Тамино и Папагено имају последњу шансу да одустану; Тамино је одлучан у својој намери да истраје, а Папагено каже да он баш и нема жељу да се бори за или због мудрости. Свештеник га привуче причом да, у случају да и он истраје, може бити да постоји жена баш по његовој мери – Папагена.

Прво искушење њихове самоконтроле је пред женама: Тамино и Папагено не смеју да проговоре ниједну реч са њима, ма колико то желели; појављују се оне три лепе девојке у служби Краљице, али не успевају да измаме ништа од њих (мада Тамино стално мора да тихо опомиње Папагена да сузбије своју брбљивост).

За то време, у врту, Памина је заспала, а Моностатос се жудно припрема да је обљуби. Спречава га њена мајка, која се одједном појављује. Док се Моностатос повлачи у заклон и гледа шта се дешава, Краљица Ноћи пева своју познату арију, једно од најтежих сопранских искушења уопште (Der Hölle Rache kocht in meinem Herzen – Паклена освета ври у мом срцу). Она заправо показује кћери своје право лице, давши јој бодеж да њиме убије Сарастра. По њеном одласку Моностатос се враћа и почиње да уцењује фрустрирану Памину тајном коју је управо прислушкујући сазнао. Међутим, наилази Сарастро и теши је.

Тамино је веома чврсте воље и остаје нем чак и када му дође Памина; тиме јој слама срце, јер она мисли да је то знак да је више не воли. С друге стране, Папагено пева о својој чежњи за младом и лепом женом; појављује се ружна старица и проглашава себе његовом женом, али се убрзо преметне у младу и лепу Папагену. Међутим, она нестаје и Папагено поново остаје сам.

Три дечака налазе Памину како покушава да се убије; спрече је у томе, уверавајући је да има разлога да живи; поведу је Тамину. А и он је при крају свога пута; дозвољено му је да се сусретне с Памином, али овога пута је ослобођен завета ћутања. Заједно треба да превале завршницу пута и обаве последњи задатак – да прођу кроз ватру и воду (буквално), и они то чине уз помоћ чаробне фруле.

Папагено, који није издржао сва искушења, хоће да се убије јер није успео да освоји Папагену. И њега теше три дечака, подсетивши га на адут који је заборавио – чаробна звона. Звук звона призове Папагену, а срећни пар најпре не може да верује својим очима (ту је можда најшармантнији дует из ове опере, који почиње замуцкивањем: „Па… па… па…”, а завршава се планирањем како ће на свет доћи многи нови Папагени и Папагене).

Завршницу представља напад Краљице Ноћи и издајника Моностатоса на храм и њихов коначан пораз. Сарастро и свештеници у хору благосиљају срећне парове и певају тријумфалну оду храбрости, врлини и мудрости.